回答：
因为它更有效率。
说明：
限制酶等酶必须识别非常特定的序列才能完成其任务。它仅在一种特定配置中与DNA结合。幸运的是！因为你不想要一个在随机的地方切割DNA的'pacman'。
DNA是双链的，因此它具有酶可以结合的“双侧”。回文序列在两侧向后和向前相同（见下图）。这意味着无论酶接近DNA的哪一侧，酶都能识别序列。
回文序列也增加了切割两条DNA链的机会。甚至有可能两种酶作为二聚体起作用以切割回文序列，从而进一步提高效率。
最后一个原因在病毒和细菌之间的斗争中非常重要。使用与这些回文序列结合的限制酶，细菌已经进化为“禁用”细菌靶向病毒（噬菌体）。切割两条DNA都会伤害病毒而不是切割一条链。