回答：
因为他们的进化方式。
说明：
这个问题实际上还没有完全解决。为什么Hox基因在簇中出现很可能是因为它们是从远古祖先的同源框基因的复制进化而来的。有关Hox基因进化的更多信息，请参阅此答案。
因为这种复制基因最终彼此相邻并进一步发展为特定不同细胞类型的编码。这种类型的演变导致了两个有趣的现象：
- 空间共线性：染色体一端的基因定义胚胎的头部，另一端的基因定义“尾部”末端。
- 时间共线性：定义胚胎头侧的基因在定义尾端的基因之前表达。
似乎合理的是，细胞可以方便地将基因聚集在一起来计算它们的表达时间。但是，也有研究表明聚类不是必需的。所以，还有更多的东西，还有足够的发现！
如果您想对Hox基因进行调控，我可以推荐Mallo&Alonso 2013的文章。